百果园作为一家水果零售连锁企业，在过去几年中获得了快速发展，但其商业模式也暴露出一些问题。针对这些问题，制定以下方案。

百果园需要加强供应链管理。由于水果的生鲜特性，供应链管理对于保持产品的新鲜度和品质至关重要。百果园应该建立与可靠的供应商的长期合作关系，并且在选择供应商时注重质量和食品安全标准。可考虑引入农场直供模式，以缩短供应链，确保水果的新鲜度。

百果园需要改进店铺布局和陈列方式。百果园的店铺往往布局拥挤，陈列乱七八糟，给消费者带来不便。应该以提升消费者体验为目标，进行全面的店铺改造。可以通过合理的商品陈列和良好的导购服务来提高销售额。还可以引入电子价签和手持式POS终端等技术设备，提高店铺的运营效率。

第三，百果园需要完善在线销售渠道。互联网的快速发展，线上渠道已经成为各种零售业的新潮流。百果园可以建立自己的电子商务平台，并加大线上销售和线下实体店的整合推广力度。通过在线销售，可以拓展更广阔的市场份额，并提升品牌知名度。同时，还可以提供更多样化的服务，如定期配送和会员优惠等，增加客户黏性。

百果园需要加强品牌建设和营销策略。百果园的品牌知名度相对较低，需要投入更多资源进行品牌建设。可以通过赞助各类体育赛事、社区活动等方式提高品牌曝光度。同时，百果园还应该制定差异化的营销策略，如推出独特的产品包装、举办水果品鉴会等，吸引消费者的目光。

百果园商业模式的问题主要包括供应链管理不完善、店铺布局不合理、在线销售渠道不足以及品牌建设不够。通过加强供应链管理、改善店铺布局、完善在线销售渠道和加强品牌建设等方面的措施，百果园将能够解决这些问题，提升企业的竞争力和盈利能力。